研究发现14种在墨西哥常见的食用蔬果中，只有木瓜有停止乳癌细胞生长的能力。橙粉色的果肉含有极大量的胡萝卜素和茄红素，两者都是抗癌的重要元素。茄红素的结构令其成为强效的抗氧化物，科学家认为高抗氧化能力是抗癌的关键。流行病学研究更发现，茄红素的食用量与患上前列腺癌的风险是呈反向的关系，即是茄红素的食用量愈多，患上前列腺癌的风险便愈低。其他实验则证明茄红素诱发癌细胞的死亡、减低扩散的现象和增加保护性酵素。而木瓜内的异硫氰酸盐类化合物 (Isothiocyanate) 能够修复细胞周期，从而减低患癌的可能性。在动物的实验中，异硫氰酸盐类化合物能够有效地预防乳癌、肺癌、大肠癌、胰脏癌、前列腺癌，甚至白血病。异硫氰酸盐类化合物能在不同方面，抑制癌细胞的形成和生长。

除抗癌外，木瓜内的酵素能够帮助蛋白质的消化，包括包围著肿瘤的蛋白质和肠内寄生虫。那种酵素更对烫伤组织的复原有很大的帮助，能够将表面或皮下疤痕组织分解。

另外，研究显示，生理和心理健康是和制造有用蛋白质的能力有很大的关系。但是，随著年纪增长，身体制造用来消化蛋白质的酵素数量便会下降，因此，身体缺乏足够的氨基酸，而且过多未被消化的蛋白质在肠脏，导致肠道有害细菌增生。在餐后食用木瓜可以促进消化，帮助防止肚胀及消化不良。而在完成抗生素的疗程后，亦能帮助补充肠道益菌，当肠道充满益菌时，免疫系统便能增强，更能有效地对抗流感和癌症。